- opakovaná ACMP do 2. rokov, ťažkého stupňa s rizikom ďalších recidív,
- ťažký organický psychosyndróm s ťažkou globálnou afáziou, agresivita, nespolupráca, krátka výdrž aktívnej spolupráce,
- akútne psychózy a duševné poruchy s asociálnymi prejavmi a zníženou možnosťou komunikácie, M. Alzheimer v pokročilejšom štádiu ochorenia,
- bezvedomie,
- vigilná kóma,
- tracheostómia s kanylou,
- nasogastrická sonda, alebo PEG,
- ťažký imobilizačný syndróm s kontraktúrami,
- dekubity a iné kožné defekty,
- extrémna obezita,
- závažná polymorbidita alebo závažné interné ochorenia, ktoré znemožňujú, výrazne obmedzujú alebo sťažujú aktívnu intenzívnu rehabilitáciu – kardiopulmonálna dekompenzácia, nestabilná angina pectoris, nedostatočne liečená alebo malígna hypertenzia, dekompenzovaný diabetes mellitus, renálna insuficiencia ťažkého stupňa, akútne tromboembolická choroba, závažné a recidivujúce krvácavé prejavy,
- akútna tromboflebitída - stavy po hlbokej trombóze do 3 mesiacov po doznení choroby, po povrchovej tromboflebitíde do 6 týždňov po odznení,
- akútne infekčné ochorenia, infekcia Covid (PCR test nie starší ako 48 hodín),
- zhubné nádory počas ich liečby, tiež s klinicky zistenými známkami pokračovania choroby (MTS),
- inkontinencia moču a stolice,
- bulbárny a pseudobulbárny syndróm,
- syndróm závislosti na alkohole, opiátoch a psychoaktívnych látkach,
- rehabilitačná liečba je kontraindikovaná u pacientov so záchytom enterobaktrérií (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli,...) produkujúcich karbapenemázy (resp. rezistentných na karbapenémové ATB - meropenem, ertapenem - ak nebola vyšetrená produkcia karbapenemáz) - z dôvodu nariadenej izolácie pacienta počas jeho celého pobytu v zdravotníckom zariadení na základe Odborného usmernenia MZ SR č. 3828/2014 - SZ čl. IVb, pričom sa jedná o záchyt v akomkoľvek kultivačnom vyšetrení a bez ohľadu na to, či bakteriálny kmeň je možné ešte od pacienta laboratórne izolovať.